肠道中含有数量巨大的微生物，这些微生物在维持人类生命健康方面发挥着重要作用。近来研究发现肠道微生物与炎性肠病（IBD）、结直肠癌（CRC）、肥胖、二型糖尿病等多种疾病密切相关。因此，加强对肠道微生态的了解有助于对一些肠道疾病的诊断及治疗。

肠道微生物群的检测方法众多，通过研究小鼠粪便中微生物的群落结构来反映肠道微生态是许多研究人员选用的方法。采集粪便简单，易操作，但具体如何操作，如何避免粪便样本被杂菌污染，仍有诸多细节需要注意。

采集流程

1准备采便所需器材
采便器，镊子或者牙签，纸巾，采集管，酒精喷壶，冰盒，超净台

注：如果没有采便器，可以使用灭菌后的空鼠笼代替

2高温高压或紫外灭菌器材
将采便器或者空鼠笼，镊子或者牙签，纸巾，采集管通过高温高压灭菌后传入动物房。无法通过高温高压灭菌的，紫外线照射30分钟后通过传递窗传入。然后将器材放置超净台。

3 促使小鼠应激排便，或者将小鼠放入采便器，等待自然排便

应激排便：采集样本较少（1-2颗）及小鼠排便正常时，可以直接应激排便，固定小鼠，将其尾部提起，用手指轻轻按压小鼠下腹部，小鼠排便后及时采集到无菌的EP管中。

自然排便：采集样本较多时，将小鼠放入采便器或者空鼠笼，等待小鼠自然排便。小鼠排便过程中，及时采集小鼠粪便，避免小鼠将粪便踩踏污染。小鼠排便到足够的数量后及时将小鼠放回饲养笼中。

注：如果使用空鼠笼，需要铺垫纸巾，避免小鼠尿液污染，采便器中层有纱网，尿液可以直接漏下去。小鼠活动面积越大，越能避免踩踏粪便。

4 取出粪便及保存

使用镊子或者牙签采取粪便，采取下一只小鼠粪便的时候，需要酒精擦拭镊子或者换一根新的牙签，避免不同小鼠之间粪便污染。将采取的粪便及时放入采集管，置于冰盒中，最后及时转入-80℃冰箱保存。如果粪便形状不同，或者有便血的情况，需要做好记录。

注意事项

1粪便样本采集在一天的同一时段进行（最好是早晨）避免微生物组成在同一天不同时间内发生变化。采集粪便场所光线充足，保持通风。

2 采便过程中，需要时刻关注小鼠排便情况，及时采取，避免踩踏污染。

3无菌采便需要的器械必须高温高压和或者紫外灭菌，在超净台使用。

4 如小鼠不排便，可顺时针按摩腹部或者使用湿棉签擦拭肛门，促进排便。

5 采便时观察小鼠粪便形状以及是否便血，做好粪便记录。

6 取出的粪便及时放到冰上，最终转入-80℃冰箱保存。

7 在实验饲养期间，要尽量保持整个过程中饲料和垫料的一致性，最好采用同一批次